queda claro que es igual de valido incluir el codigo en el documento como separar el codigo en un documento js. tambien puedes simplificar el documento js a la porcion general que utilizan los documentos html y luego en cada pagina agrega lo que falta. es decir,
Código:
<script src='documento.js'><?script>
<script>
//resto del codigo para esta pagina en especifica
</script>
// el orden lo puedes invertir, segun sea como lo necesites;