Gracias a todos chicos al final lo he ido probando , sacando los resultados con un "echo" y he conseguido el resultado deseado quedando asi:
Código PHP:
$allyid=mysql_query("SELECT id FROM ugml_alliance WHERE (`id`='{$user['ally_id']}')");
$consultaallyid=mysql_fetch_array($allyid);
$allyid2=$consultaallyid['id'];
$puntfleet=mysql_query("SELECT SUM(fleet_total) as totalpuntos FROM ugml_users WHERE ally_id='$allyid2'");
$allypunts=mysql_fetch_array($puntfleet);
$allypts=$allypunts['totalpuntos'];
mysql_query("UPDATE `ugml_alliance` SET `ally_points`='$allypts' WHERE id ='$allyid2'");
si alguien tiene otra forma mas corta de hacerlo para no cargar demasiado la pagina con funciones se lo agradeceria aunque asi funciona bien