Has puesto un montón de código que la verdad hasta flojera da revisarlo. Se me ocurre que el problema esté en que solo mandas una alert, pero no usas flags, o variables que te indique que hay un error. Puedes por ejemplo hacer;
Código PHP:
Ver originalif(muy grande){
alert('muy grande');
$error = true;
}
// todo tu code
//.....
//antes de subir las imagenes
if(!$error){
}
Supongo que si sabes que el alert() no se ejecutará sino hasta que la pagina se haya cargado ya que es javascript. Creo que no está de más mencionar que el código que te puse es solo pseudocódigo para que te des una idea de a lo que me refiero cuando hablo de flags... Estoy casi seguro que usarlas resolvería tu problema ya que no estas comprobando nada antes de hacer el moviente de las imagenes del temporal a tu directorio. Para lo único que te están sirviendo tus comprobaciones es para mandar los alertas, pero no para prevenir que las imágenes se suban.
EDITO: no había visto el esle{ } por aquello de la falta de 'indent' en el código. Habrá que buscar el error por otro lado...