Básicamente te han colado a través de alguna vulnerabilidad o exploit un código malicioso javascript que sirve de downloader para descargar otro tipo de malware (publicidad, troyanos, etc.).
Si tienes un repositorio de archivos prueba la version mas completa que tengas antes de la infección, luego le vas añadiendo los archivos que tengas revisando el js o los swf si los hay. Tb es posible que tengas el servidor infectado, así que se recomienda probar en otro servidor que puedas formatear en caso de joderse xD.
Aquí un caso similar:
http://www.warriorforum.com/main-int...i-resolve.html
Otra opción que tienes es buscar información en google sobre este troyano y ver si hay algún enlace en el que te digan una forma clara de eliminarlo. Un saludo.