Si, debes crear dichas cuentas antes de añadirles los archivos del correo.
Por ejemplo, la cuenta 1 dentro de mail/tudominio.com que seria
[email protected]. Copias el contenido de ese mis directorio (1) del Backup al FTP. A ver si asi funciona.
Los archivos de los correos dentro de 1, son del estilo de "1178725263.000413.mbox:2,S". Los correos ya leidos deben estar dentro del directorio "cur", y los que aun no se han leido dentro de "new" (sin las comillas).
Saludos