a) Ya que estas en actualizar, actualiza a la última versión: 9.10
b) Increíble que sigas con la 5.4!
Por si no sabías 5 es el año (2005) y 4 el mes (abril).. salen 2 versiones por año, en abril y en octubre.
c) Hay muuuchas diferencias entre la 5.04 y la 9.10... si quieres que todo te funcione no creo que te convenga actualizar, sino instalar desde 0
d) No se como tienes tus particiones, pero se aconseja tener por lo menos 2, una con / y otra con /home, de esa forma solo formateas la partición con / y dejas la /home (donde están todos tus documentos y configuración de programas) intacta