Pueden ser dos cosas:
1- El módulo que usas (custom_mod) y la forma de crear el enlace.
2- La sintaxis usada para la posición
Intenta con lo siguiente:
Código PHP:
<?php if($this->countModules('top2')) : ?>
<div di="top2">
<jdoc:includes type="modules" name="top2" style="xhtml" />
</div>
<?php endif; ?>
Espero te sirva... saludos!