Bueno al final funciono, el problema es que había que lanzar las sentencias por separado, supongo que poner un sleep() por en medio hubiese bastado, pero bueno probé directamente cada consulta sobre la base de datos y funciono:
Código PHP:
UPDATE tabla2 t2 INNER JOIN tabla1 t1 ON t1.consulta1 = t2.consulta1 SET t2.consulta2= t1.consulta2, t2.consulta3= t1.consulta3;
UPDATE tabla3 t3 INNER JOIN tabla1 t1 ON t1.consulta1 = t3.consulta1 SET t3.consulta2= t1.consulta2, t3.consulta3= t1.consulta3;
¡Gracias por la ayuda!
bichomen