Si puedes, y no tienes que hacer mayor cosa, que asignar el link a una variable, y esa variable incluirla en tu query.
Podria quedar algo asi:
Código PHP:
Ver original<?php
//Se leen los valores de ancho y alto enviados por el formulario. Aqui supondre que fueron
//enviados via POST. Para el caso de GET, solo se cambia $_POST por $_GET
$Ancho=$_POST['ancho'];
$Alto=$_POST['alto'];
//Se genera el codigo del objeto de flash con los valores anteriores de alto y ancho
//Y se almacena en la variable $link
$link=' <object width="'.$Ancho.'" height="'.$Alto.'"><param name="movie" value="http://www.youtube.com/v/J2zDyyIOYIU&hl=es_ES&fs=1&"></param><param name="allowFullScreen" value="true"></param><param name="allowscriptaccess" value="always"></param><embed src="http://www.youtube.com/v/J2zDyyIOYIU&hl=es_ES&fs=1&" type="application/x-shockwave-flash" allowscriptaccess="always" allowfullscreen="true" width="'.$Ancho.'" height="'.$Alto.'"></embed></object>
//Se prepara el query que inserta el renglon en la base de datos
$query="INSERT INTO tutabla (nombre, codigo, caracteristicas, link) VALUES ('".$nombre."','".$codigo."','".$caracteristicas."','".$link."')";
//Ejecutas el query (previamente te conectaste a la BD)
$resultado=mysql_query($query);
//Y luego viene todo lo demas
?>
Espero que te resulte!