el string dentro de settimeout.
Código:
 function limpiar()
{
settimeout('document.formulario.reset()',2000);
}
onsubmit="return limpiar"
  antes del cierre del tag script.  
Código:
  echo "<SCRIPT language='JavaScript' type='text/javascript'>parent.document.getElementById('mensaje').innerHTML = '* guardado correctamente en la B.D.';/* este es el cierre */</SCRIPT>";