Para empezar esta línea está fatal:
Código PHP:
Ver original<td width="33" scope="row"><input name="nombre" type="checkbox" value="<? echo $fila['arma']; ?>"/> <? echo $fila['arma']; ?> <img src="mostrarImagenes.php?imagenArma=.$fila['imagenArma']."> </td>
Y en tu botón tienes el mismo error:
Código PHP:
Ver original<input type="button" value="Aceptar" class="botonSeleccion" onClick="validarCheck($num,6)">
Tu función javascript está recibiendo $num, pero no está recibiendo el valor de este, sino la palabra $num (y encima sin comillas)
Por tanto es un error javascript muy gordo, y no php.