Hola,
Mira
http://httpd.apache.org/docs/mod/core.html#options . Se puede poner en un .htaccess o en el httpd.conf dentro de un <directory> en el que puedes especificar que directorios quieres, e incluso usar el caracter *.
Pero esto es configuracion de Apache, no tiene nada que ver con PHP.
Saludos.