Sí hubo un cambio en Wordpress. La funcionalidad de comments.php está muy simplificada y el usuario pierde algo de control a menos que se haga una función de callback.
En todo caso, yo tengo esto en comments.php, y tengo definido el tamaño del ícono en wp_list_comments(). No puedo ayudar más porque ya no recuerdo en qué sitio encontré la solución, pero fué fácil de hallar con google.
Código PHP:
wp_list_comments('type=comment&callback=mytheme_comment&avatar_size=48')