Podrias probar con quitarle las tildes a los archivos, podrias hacerlo de una manera sencilla:
Código PHP:
<?php
$archivo = $_FILE['archivo']['name'];
$quitar = array('á','é','í','ó','ú');
$poner = array('a','e','i','o','u');
$final = str_replace($quitar, $poner, $archivo);
?>
Saludos