Estas usando una versión peligrosamente vieja de PHP para la cual hay muchos exploits, probablemente sea hora de hacer un buen upgrade (incluyendo kernel)
Una pregunta este servidor solo aloja tus propios sitios correcto?
Puede publicar la salida del comando iostat?
En cuando a Apache, estas usando Worker, Prefork o Event?
Aqui hay algunos tips que pueden ser de utilidad
http://www.forosdelweb.com/f92/neces...rvidor-752496/