en mi caso yo lo que hice fue: primero hago mi consuta, luego hago el siguiente if y compararo si en el registro que estoy evaluando hay "uno" entonces que asigne la palabra "checked" a una variable.
Código:
if($fila['0']==1){
$check="checked";
}else{
$check="";
}
por ultimo el echo para el checkbox
Código:
echo'<input type="checkbox" name="checkbox" value="1" '.$check.'/>';
nota: si el en el registro habia uno, entonces te imprimirá el control seleccionado, si no habia uno entonces imprimira el control sin selecionar.