Hola Vun... En principio aclarar que nadie puede contestar esa pregunta con la verdad absoluta, simplemente porque es imposible que alguien lo sepa (salvo los ingenieros de los buscadores xD).....
En mi opinion, no tiene relevancia en realidad que tan cerca del body se encuentra, pero si creo que es importante el contexto en donde se encuentra el enlace.
No es lo mismo que nos incluyan un enlace en el pie de pagina, junto con otros 40 enlaces que nos incluyan dentro de un articulo referenciandonos con un enlace.
Dejo a mano un exelente recurso que esta basado en una encuesta a SEOs, y es un buen estudio para tener en cuenta:
http://www.senormunoz.es/valor-enlaces/
Espero les sea util si es que no lo conocen ya!