ahh ya, a ver si te sirve esta idea
imagina que ya tienes tu form hecho y tenes este checkbox
<input type="checkbox" name="check1" value="1"/>
ya diste clic al boton enviar. y hoy capturamos el valor y evaluamos su contenido
Código:
if ($_POST['check1']=='1'){
$dato1='1';
}else{
$dato1='0';
}
luego en la sentencia UPDATE TABLE SET COLUMNA1=$dato1 WHERE........
eso podrías hacer para cada uno de los checkbox, ya si tienes muchos checkbox deberías utilizar algún bucle que haga el trabajo repetitivo.
ojala te sirva , suerte