Hola
¿Tienes acceso al archivo httpd.conf de configuración de Apache? Creo saber lo que está pasando. Verifícalo, si esto funciona es que el DirectoryIndex de apache da mayor prioridad a un index.html que a un index.php, y ahí es cuando entra el rewrite a joder...
Código PHP:
<?
if (!empty($_GET['modulo']))
{
if ($_GET['modulo'] == 'index') // Reescribimos el valor para el caso problemático
$_GET['modulo'] = 'inicio';
if (file_exists('modulos/'.$_GET['modulo'].'.php'))
include_once('modulos/'.$_GET['modulo'].'.php');
else
echo ("La seccion a la que intentas acceder no existe. Verifica la direccion.<a href='./'> Volver al Inicio</a>");
}
else
{
include("modulos/inicio.php");
}
?>