Bueno, para comparar dos bases de datos deberìas de tener dos conexiones, una a cada BD, y recorrer ambas. Ahora, la forma especìfica en que vayas a implementar depende de que exactamente necesites hacer.
Se me ocurre que leas cada objeto tipo tabla (o vistas o funciones o procedimientos almacenados) de la BD que definas es la actualizada y lo busques en la otra, luego si existe recorres esa tabla leyendo cada campo (nombre y tipo).
Mira, ahi te van algunos còdigos que estan en la
biblioteca de funciones (aunque deberìas tambien de darle una leida a las
FAQ's:
Para leer las tablas
para insertar el campo que haga falta, utilizaras un
objeto command y ejecutaras una sentencia
ALTER TABLE
Arma algo y con algo y si no te funciona, aqui te ayudamos a depurar tu còdigo
Saludos