Es muy probable que el problema esté relacionado con el timeout de PHP o de la web. En cualquier caso, desde el momento en que en localhost la consulta funciona sobre la réplica, puedes tener por seguro que no es un problema ni de sintaxis de SQL ni de PHP.
Yo te sugeriría consultar en el
Foro de PHP, donde pueden estar mejor informados de estos problemas de enlace, o incluso consultar en el
Foro de Apache, donde puede ser que conozcan mejor las soluciones.