si abres la ventana desde otra (con javascript o no) que ya tiene la cookie de la sesión, no la perderás, pero si abres otra ventana (o mejor dicho instancia) del navegador
desde el sistema operativo es probable que ésta nueva instancia del navegador solicite otra nueva cookie y por lo tanto no tendras la misma sesión.
seguro te preguntarás: ¿
probable?!!!,
SI porque eso depende del navegador, por ejemplo IE
no conserva las cookies entre instancias del programa, en cambio Firefox sí, por lo tanto con Firefox no necesitas loguearte de nuevo y no tendrás ese problema
