Tu problema no es de bases de datos, por cuanto la consulta te está devolviendo la totalidad de lo que necesitas.
Tu problema es de programación -tema fuera de los límites de este foro-, ya que es en PHP donde tienes que resolver cómo poner lo devuelto en una consulta, e variables independientes.
Consulta el problema en el
Foro de PHP.
A mi entender, el problema es que no podrás definir una variable para cada alumno, porque la cantidad de alumnos posibles no es fija. Luego, la única solución es usar arrays para el curso entero...