Eso es porque se guardaron las hojas de estilo en el directorio raiz. Nada del otro mundo.
No obstante, existe una manera correcta de proceder en tal sentido, ya que Wordpress tiene un montón de funciones y hooks de plantilla que pueden perderse si el diseñador procede de forma arbitraria. Cuestión de definir las rutas en el wp-config.php.
Para la hoja de estilos:
Código PHP:
define('STYLESHEETPATH', /ruta-del-directorio/);
Adicionalmente, para el directorio de la plantilla:
Código PHP:
define('TEMPLATEPATH', /ruta-del-directorio/);
Ver más formas de personalización del wp-config.php:
http://codex.wordpress.org/Editing_wp-config.php
Trabajar de esta forma es mucho mejor, ya que con ello ofreceremos un entorno más estable y aprovechable que el sólo hecho de operar con elementos estáticos.