Puedes posicionar un label o un literal control en donde quieras que aparezca el menu... y desde codigo en vez de usar Page.ClientScript agregas todo el HTML al label.Text
Código vb.Net:
Ver originalLiteral1.Text = "<table cellpadding='0' cellspacing='0' width = '100%'><tr><td align='center'><ul id='navmenu'>" & menujunto & "</ul></td></tr></table>"