Hola, lo que puedes hacer es utilizar un bloqueo simple, lo mas sencillo es utilizar un archivo como lock, si el archivo existe, quiere decir que el proceso está corriendo y matamos la aplicacion, si no existe, creamos el lock y ejecutamos el proceso y eliminar el lock.
Hay formas mas segurra como verificar que el pid del proceso exista, etc etc etc .. pero el bloqueo simple te puede ayudar.
Te dejo un pequeña clase que lo implementa en
Implementación simple de un lock en php
Saludos