Si lo unico que necesitas es sacar registros de una tabla cuyo identificador (en este caso num_fatcura) no exista en la otra puedes usar tanto la clausula EXISTS o IN
En nuestro caso nos vendra a dar el mismo resultado ambas formas...
te dejo unos ejemplos... estas consultas deben ser rápidas ya que supongo que num_factura será la clave_principal de la tabla pedido y sino es asi usa siempre sus claves para este tipo de subconsultas siempre ayudaran al coste
Código:
SELECT pedidos.num_factura
FROM pedidos
WHERE NOT EXISTS (SELECT auditoria.num_factura FROM auditoria)
Código:
SELECT pedidos.num_factura
FROM pedidos
WHERE pedidos.num_factura NOT IN (SELECT auditoria.num_factura FROM auditoria)
saludos