Conceptualmente creo que tienes claro quer no se puede hacer, puesto que php y javascript aún que esten en el mismo fichero, en realida es como si estuvieran en dos ficheros, uno que se ejecuta en el servidor y otro que se ejecuta en el cliente.
Luego en realidad lo unico que puedes hacer desde javascript es llamar un fichero php para que se ejecute en el servidor (o rellamar al actual).
Pero tenemos
AJAX que puede hacer algo muy similar a lo que pides, mediante AJAX se puede cambiar el contenido de un div usando un fichero del servidor para obtener el contenido nuevo, si ese fichero ejecuta la funcion php tendriamos el efecto buscado.
Busca una función llamada
cliensideinclude o cualquier otra similar a la que se le pasa el id del div y la url del fichero a cargar mediante AJAX.
Incluso se puede pasar parametros al fichero cargado, via get o post, para que sean usados en el momento de ejecutar las funciones php.
Creo que la saque de
aquí.
Quim