Si no he entendido mal, en la tabla pedidos están todos los posibles números de factura, y es en auditoria donde hay recogidas sólo algunas facturas. Si lo que buscas es las que no están en ambas, yo usaría esto
Código MySQL:
Ver original LEFT JOIN auditoria
ON auditoria.num_factura
= pedidos.num_factura
WHERE auditoria.num_factura
IS NULL AND (pedidos.id_enpoderde
= 36 OR auditoria.id_enpoderde
= 36)
No lo he probado. Naturalmente, en lugar de * pon los campos que quieres que te muestre.
si en auditoria pudiera haber números de factura que no se dieran en pedidos, podrías hacer otra cosa, pero primero dinos si esto te sirve.
Observarás que he puesto OR en lugar de AND. La razón es que si hago la relación con AND y busco los nulos, no encontrará ninguno, al menos con esos criterios.