sql no mostrar registro si aparece en las 2 tablas.

[jurena]

huesos52,
creo que esta tuya, que es la que me dices, debe funcionar y tiene sentido para mí:
SELECT t1.id FROM
-> (SELECT id FROM pedido WHERE id=3
-> UNION ALL
-> SELECT id FROM factura WHERE id=3)t1
-> GROUP BY t1.id
-> HAVING count(*) =1;

no he probado ninguna, la verdad, pero, si es como dices, y en auditoria puede haber facturas que no están en pedidos, yo también intentaría esto, que tiene la ventaja de que evita un GROUP BY:

Código MySQL:

SELECT  T1.FACTURA, T1.ENPODERDE FROM
((SELECT  pedidos.num_factura FACTURA, pedidos.id_enpoderde ENPODERDE FROM pedidos
 LEFT JOIN auditoria ON pedidos.num_factura = auditoria.num_factura
 WHERE auditoria.num_factura IS NULL AND pedidos.id_enpoderde = 36)
UNION ALL
 (SELECT auditoria.num_factura, auditoria.id_enpoderde FROM auditoria
 LEFT JOIN pedidos ON auditoria.num_factura = pedidos.num_factura
 WHERE pedidos.num_factura IS NULL AND auditoria.id_enpoderde = 36))T1
 

No lo he probado.