Debes cambiar la condición porque casi siempre te va a dar verdadero
<?php
if ($_COOKIE['visitas']
==1)
{?>
<script language='JavaScript' type='text/javascript'>
alert ("Mostrar ventana");
</script>
<?php
$valor++;
}
?>
deberia quedar asi:
Código PHP:
Ver original<?php
$valor=(int)$_COOKIE['visitas']+1;
if (!$_COOKIE['visitas'])
{?>
<script language='JavaScript' type='text/javascript'>
alert ("Mostrar ventana");
</script>
<?
}
?>