Codigo malicioso en mi website

[Oscarch]

Hola a todos,

Estos dias he tenido unos inconvenientes con algunas webs que tengo, aparecen constantemente como "sitios web atacantes" y los navegadores los bloquean, resulta que se han insertado una linea <script> en cada pagina ".html, .php, .js" que hace una llamada a otro server y tambien un archivo "gifimg.php" o algo asi que se inserta dentro de la carpeta "images/"

Es posible que mi PC haya tenido algun virus que al momento de usar el FTP se haya colgado tambien en las cuentas de host de cada una, pero borro el codigo varias veces y despues de unos dias vuelve el problema y ya sin usar FTP

Desearia saber si me pueden recomendar una tecnica para que pueda impedir que se escriba codigo alguno sin autorizacion, sobre todo en las carpetas "images/", "scripts/" tal vez sea cuestion de establecer permisos o impedir que se ejecute cualquier linea de codigo que haga referencia a otro servidor

Gracias de antemano