Para lo primero, prueba este .htaccess:
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.dominio\.com$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.dominio.com/$1 [R=301,L]
De esta forma siempre se navegará bajo
www.dominio.com
Y respecto de los enlaces que no existen, es normal, se trata de robots spammers que tratan de buscar aplicaciones vulnerables en tu servidor, lo que hacen es un ataque tipo diccionario, es decir, van intentando con las aplicaciones más habituales y en las rutas de instalación también más habituales... En principio no le daría mayor importancia, quizá porque ya me he acostumbrado demasiado a ver estas cosas
Aunque si tienes algún prefabricado común (phpmyadmin, algún foro, joomla, etc...), intenta que no quede instalado en la ruta por defecto, sino que ponlo en algún subdirectorio con un nombre que no esté en el diccionario de un robot...
