No dejo de sorprenderme de lo quisquilloso que es IE. Estuve un rato tratando de encontrar el problema ya que la página se veía bien en Firefox. Al final decidí validar tu código y ahí me di cuenta tus comentarios html y tus condicionales están mal. Si se los quitas podrás ver los elementos de nuevo. Quítale todo esto, la verdad es que no los necesitas:
Código HTML:
Ver original<!--[if IE 5]>
<style type="text/css">
/* coloque las reparaciones del modelo de cuadro para IE 5* en este comentario condicional */
.twoColFixLtHdr #sidebar1 { width: 230px; }
</style>
<![endif]-->
<!--[if IE]>
<style type="text/css">
/* coloque las reparaciones de css para todas las versiones de IE en este comentario condicional */
.twoColFixLtHdr #sidebar1 { padding-top: 30px; }
.twoColFixLtHdr #mainContent { zoom: 1; }
/* la propiedad zoom propia que se indica más arriba proporciona a IE el hasLayout que necesita para evitar diversos errores */
</style>
<![endif]-->
Código HTML:
Ver original<!-- Este elemento de eliminación siempre debe ir inmediatamente después del div #mainContent para forzar al div #container a que contenga todos los elementos flotantes hijos -->