No lo he probado, pero en las FAQ tienes un ejemplo de registro de extensiones.
Es bastante complicado. Yo mismo en mi pkj-player aún no me he aclarado bien como lo hice para asociar varias extensiones de modos diferentes, pero las funciones que tienes que usar son las del ejemplo. Si no te aclaras busca más info sobre esas funciones.
http://www.forosdelweb.com/1421810-post127.html
Sobre el CommonDialog solo tienes que añadir .DefaultExt = ".tuextension", antes del .ShowSave, para que los ficheros se guarden con esa extensión, pero solo en caso de no indicarse una en la ventana del .showsave. Si seleccionas un fichero llamado pepe.txt el fichero se guardara con ese nombre. Si solo escribes "pepe" el fichero se guardara como "pepe.tuextension". Por eso lo mejor es asegurarse justo antes de escribir el fichero al disco.
Que se de bien.