Finalmente no me quedó otra opción que usar el Web ervices de
www.geonames.org y guardar los xml en local, de esa forma a medida que se van guardando los archivos y a medida que pasa el tiempo genero menos consultas al servidor externo, por lo tanto no opté por no usar ninguna base de datos. Funciona perfectamente.
Nota: Los datos los tenia en local, lo exporté por partes (archivos de 15MB axprox.) comprimidos con gzip (Exportar en phpmyadmin) y luego los subí con bigDump.
Saludos.