como optimizar popen() o proc_open()

[blesther]

Hola a todos, tengo una script de PHP en el que mando a ejecutar una aplicacion Java. Esto lo hago suscesivamente para digamos N archivos, popen me permite mandar el proceso a segundo plano y el proceso se hace un tanto rapido. El problema viene a la hora de la sobrecarga del sistema. El procesador me llega al 100% durante todo ese tiempo e incluso llega a bloquearse el sistema completamente. Quisiera saber si existe la posibilidad de optimizar esta funcion para mantener la estabilidad del sistema. El codigo es el siguiente:

Código PHP:

for($j = 0;$j<100;$j++){
   $v = popen("./Aplicacion/run.pl " .$files[$j]. "& > /dev/null", 'w');
   pclose($v);
}