Si lo he entendido bien quieres que prevalezca el campo modelo sobre el de coche.
Código PHP:
$where = "";
if($modelo!=""){
$where = "WHERE modelo= ".$modelo;
}elseif($coche!=""){
$where = "WHERE nombre = ".$coche;
}
$result = mysql_query("SELECT nombre, modelo FROM comercios
$where LIMIT $reg1, $tampag", $link);
Si lo entendi mal, podrias explicarlo de otra forma?