El
contenido duplicado no penaliza, pero estarás dividiendo por dos el esfuerzo para posicionar tu subdominio.
La verdad es que desconozco cual es la mejor forma para evitar esta duplicidad, quizá desde el robots.txt puedas bloquear la carpeta dominio.com/es y así los robots solo accedan a través del subdominio.
Otra opción es utilizar el atributo rel canocial, indicas la dirección que quieres tener como principal en ambas y listo.