1.- indica la ruta en tu funcion copy() o move_uploaded_file() que uses .. tipo:
copy($origen,"./imagenes/".$imagen)
(ahora no recuerdo el orden de origen y destino .. pero es para q veas el ejemplo ... Si usas rutas absolutas tipo /home/sitiotal/www/html/imagenes .. mejor todavía .. )
Cita: ..."que yo subía manualmente a un archivo /imagenes"...
Diras directorio ?
2.- ... Cuando haces el Upload del archivo tienes a tu disposición varias propiedades del archivo que estas subiendo .. Una es el propio nombre (mame) .. otra el tamaño (size) .. tambien el tipo o formato MIME que es (type) y no se si alguna mas ..
Tan solo tienes que guardate esos datos en tu BD haciendo una simple consulta INSERT o UPDATE segun corresponda .. Junto con el "name" del archivo puedes guardar la ruta donde lo ubiques en tu Servidor (directorio concreto) o solo el nombre y la ruta se la das cuando presentes ese archivo ...
Un saludo,