Dichos datos los deberías de guardar en otra tabla, ésta tabla relaciona los usuarios con los clientes, minimo debes guardar el id del Usuario y los id de los clientes que seleccionó en los checkboxs.
La estructura podría ser algo así.
Tabla:
UsuarioClientes
campos:
idUsuario | idCliente
1 45
1 46
1 20
2 45
3 45
3 46
pd: bueno lo que dijo Hidek1 no está mal ,
jaja otra vez me han ganado de mano.