mmmmmm
hay forma de hacerlo basados en consultas SQL sobre la BD
information_schema, pero si las bases de datos son muy grandes, creo que tienes que hacer uso de una herramienta gráfica que haga el trabajo de una forma menos arcaica.
Hace poco estuve en una conferencia programada por embarcadero (Empresa de desarrollo de software para gestión de BD) y expusieron una herramienta llamada DBArtisan. Otra que parece buena es el My SQL Database Comparer. (Claro esta... son herramientas de pago)
Nos diras como te va.