Gracias por el tip. Tu me estás diciendo que se haga la búsqueda en los ftp cada vez que se busque algo, lo que lo haría muy lento, pero se me ocurrió mejor que el mismo php me guarde el link de cientos de archivos en una base de datos y se actualice cada cierto tiempo; así buscará pero sólo en una base de datos y no en cada archivo de cada carpeta de cada servidor ftp.
Muchas gracias por ayudarme y darme ideas
