entonces lo tendria que hacer asi
consulta
Cita: $consulta = "SELECT puntos FROM registro_cuenta WHERE puntos = '$puntos_formularios'";
UPDATE
Cita: $Actualizar_puntos = "UPDATE `registro_cuenta` SET `puntos` = '$puntos_restantes' WHERE `puntos` = $puntos[$username],
donde $username seria el campo a actualizar no?
o estoy mal
Cita:
Iniciado por samu22 
como poder se puede perfectamente, el tema esta en que tu tabla este bien configurada para que cumpla las condiciones al hacer el UPDATE sino no te seriviria de nada, tienes que identificar correctamente que campo vas a actualizar si vas a actulizar por igualidad de puntos, podes estar actualizando algun dato que cumpla la misma condicion actualizando registros sin un control de usuario.
si vas a actualizar por usuario utiliza la id de usaurio de condicion o nombre de usuario, pero no los puntos del usuario porque estos pueden ser iguales al de otro, se entiende?