Este codigo me funciona, poniendo en javascrip debajo del <a href=""></a>
Pero si el javascript lo pongo en un fichero a parte para cargarlo desde el header, no me funciona. 
 Código PHP:
    <div class="Post-Photo-Right">
<a id="video" href="http://www.youtube.com/v/bXcKVOcbGVc&hl=en_US&fs=1&rel=0&autoplay=1"title="Bicentenario de Regatas" />
<img alt="" title="Pulse aquí para ver el video" src="./images/rosa/bicentenario/bicentenario.gif" />
</a>
<script>
$("#video").click(function() {
$.fancybox({
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'transitionIn'    : 'none',
'transitionOut'    : 'none',
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'height'        : 495,
'href'            : this.href.replace(new RegExp("watch\\?v=", "i"), 'v/'),
'type'            : 'swf',
'swf'            : {'wmode':'transparent','allowfullscreen':'true'}
});
return false;
});
</script>
</div> 
   
  Como se puede modificar este codigo para que funcione cargando el javascript desde un file externo en el header.