Duda programación nuevos mensajes

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Hola colegas, estoy programando un foro en PHP desde cero, y me he atorado, pues no sé como mostrarle al usuario los nuevos mensajes que se hayan escrito.

Se me había ocurrido comparar la fecha actual con la ultima fecha activo, pero eso solo funcionaría mientras esta logueado, si se desconecta y vuelve a iniciar sesión y hay algún mensaje que no haya leido, pues se pierde y le aparecerá como leido.

Otra forma que se me ocurrió grabar los mensajes que el usuario haya leido, y que cuando inicie sesión se compare la lista y que el sitio le muestre como no leidos los que no esten en la lista. Pero este metodo a la larga no funcionaría, ya que si el sitio crece serían cientos o miles de mensajes que se habrían que comparar.

¿Ustedes que me sugieren? ¿Cómo se puede manejar esto de los mensajes nuevos?