Hola, si, es correcto si se puede.
Tienes que crear las conexiones dinámicas par que si un usuario se conecta a una base de datos pues interactué con esa base de datos, en Properties>Settings create un registro que se puede llamar Conexión y es ahí donde guardaras tu conexión de esta manera. 
Esto es para que guardes tu conexión.
NombreAplicacion. Presentacion. Properties.Settings.Default.Conexion = “Tu Conexion” 
Esto es para obtener la conexión previamente guardada
String Connn = NombreAplicacion. Presentacion. Properties.Settings.Default.Conexion 
Tambien te dejo el string de conexión,  
Código:
 "Persist Security Info=False;User ID=sa;Password=sa;Data Source=" + txtServidor + ";Initial Catalog=" + txtBaseDatos + ";Min Pool Size=5;Max Pool Size=60;Connect Timeout=60;";
  Quedaria mas o menos asi: 
Código:
 NombreAplicacion. Presentacion. Properties.Settings.Default.Conexion = "Persist Security Info=False;User ID=sa;Password=sa;Data Source=" + txtServidor + ";Initial Catalog=" + txtBaseDatos + ";Min Pool Size=5;Max Pool Size=60;Connect Timeout=60;";
  
Y te creara un XMl en App.Config de tu aplicación.
Y es todo lo que tienes que hacer. 
Despues solo publicas tu aplicación en alguna carpeta del sevidor y se generara un instalador el cual ejecutaras desde las maquinas donde quieras poner la aplicación y te generara la opcion de accesar a la aplicación. 
Si tienes dudas comenta.