Hola:
No sé como muestras la imagen, tal vez con una variable de sesión... pero eso no importa mucho... lo que importa es como seleccionas el área... y la forma... la más fácil son los rectángulos.
Ya teniendo las esquinas del área, tan solo tienes que crear un objeto imagen con imagecreate o imagecreatetruecolor, y aplicar imagecopy para la zona que quieras.
Saludos
