El tema es hacerlo en cabecera. No creo que sea necesario meterse con cada script por separado. Sería algo así:
Cita: <script type="text/javascript" src="javascripts/prototype.js"></script>
<script type='text/javascript' src='javascripts/jquery.min.js'></script>
<script type="text/javascript">
jQuery.noConflict();
</script>
// aca pones los llamados a tus script jquery.
<script type="text/javascript">
jQuery(document).ready(function(){
// aca pones lo que necesites de jquery. Pero sin usar $. En cambio, antepones jQuery.
// ej: jQuery("#seleccion").hide();
});
</script>
// aca pones el llamado a tus script prototype. O si no, los pones antes de llamas la libreria jquery.
Por cierto, tenes un llamado completamente descolgado, el el body:
<script type="text/javascript" src="javascripts/application.js"></script>
Ese debería ir en el header.
Ademas, todo el codigo que tenes en body puede ir tranquilamente en header, en tanto aprendas a usar document.ready correctamente. ( o sea, que lo entiendas ).