Si necesitas alerts, prompts y confirmations:
http://www.anieto2k.com/2008/12/31/j...mpt-y-confirm/ http://labs.abeautifulsite.net/proje...y/alerts/demo/
Si necesitas ventanas para cualquier proposito, yo estoy contento con este:
http://stanlemon.net/24
Pero hay miles. Busca "ventana modal jquery" si lo que queres es una transparencia cuando aparece una ventanita. Por ejemplo jquery tools y jquery UI tienen eso. Pero hay muchas mas.